澳洲计算基因组学COMP90016Computational Genomics课程介绍

计算基因组学

COMP90016

Computational Genomics

学习目标

课程内容：

基因组学的研究处于生物学的前沿。当前的实验技术产生了大量的数据，计算分析对于理解这些数据是必要的。这门课涵盖了基因组数据计算分析的广泛方法。学生将学习各种不同的基因组分析方法背后的理论，并了解当前使用的关键工具，从而为正确使用现有方法以及开发分析基因组数据的新方法做准备。学生还将有机会在研讨会和作业中运用学习到的技能，使用现有的计算基因组学工具和编写自己的定制Python函数。

本课程涵盖了几种重要形式的基因组数据的计算分析方法。主题涉及计算资源管理、可重复的研究原理、基因组学工作流程、序列比对、基因组注释、并行计算、宏基因组学和单细胞测序。实际工作涉及用Python代码编写生物信息学函数，访问基因组学数据仓库和使用流行的命令行工具。

学习成果：

完成本课程后，学生应该能够：

1、使用和操作计算基因组学中使用的一系列数据格式；

2、识别和描述处理基因组数据的常用计算方法，并适当地进行应用；

3、讨论支持计算基因组分析的各种算法的优缺点；

4、使用课程中讨论的工具和方法为新场景设计分析工作流程；

5、编写简单的Python程序，使用编程库完成计算基因组学任务；

6、描述计算基因组学及相关领域的当前研究问题；

7、解释计算基因组学在解决现代生物学挑战中的作用。

课程评估：

1、编程作业1，10%。

2、编程作业2 & 3，各占15%，共30%。

3、Take home exam，20%。

5、期末考试，2小时，40%。

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